La découverte, en différents endroits, de plusieurs outils préhistoriques et protohistoriques ainsi que d'un dépôt votif prouve l'ancienneté de l'occupation humaine sur le terroir brétignolais. De nombreux établissements ruraux datant de l'époque gallo-romaine y ont été recensé, laissant imaginer une région à forte densité humaine dans un paysage d'openfield à la couverture forestière réduite.
Église Saint-Pierre, située au sommet d'une Butte composé de grès et sables de Fontainebleau (Stampien supérieur g2b)	Le haut Moyen Age nous est moins connu, même si les historiens discernent de probables réoccupations de villae romaines par les mérovingiens et qu'une occupation plus forte à l'époque carolingienne semble avérée. Aux XIe-XIIe siècles, Brétigny apparaît comme un terroir en défrichement. La trame de l'habitat formant les quartiers actuels se dessine déjà en grande partie. Au Moyen Age, le territoire brétignolais se découpe en deux paroisses, plusieurs seigneuries dont une principale dans un monde rural et agricole où l'on cultive surtout des céréales mais aussi déjà un peu de vigne. Aux XIVe-XVe siècles, Brétigny a beaucoup souffert des effets de la guerre de Cent Ans. Les chiffres de populations sont au plus bas, les deux églises en ruine et les paroisses considérées comme pauvres. De même, les guerres de Religion (XVIe siècle) et la Fronde (1648-1652) frappèrent durement ls brétignolais et l'économie locale.

Pendant l'Ancien Régime, le territoire compte une dizaine de grosses fermes appartenant à de riches propriétaires et louées à de puissants fermiers, ainsi que quelques châteaux dont celui des seigneurs de Brétigny. La ville traverse sans trop de mal la période révolutionnaire.		Château de La Garde avant sa restauration
Gare en 1904	En 1843, l'arrivée du chemin de fer coupe en deux la commune et apporte une certaine notoriété à la ville qui devient un nœud ferroviaire. Sa position stratégique lui vaut d'être occupée en 1870, puis en 1940, alors qu'un terrain d'aviation militaire vient d'être aménagé sur le plateau. La fin des années 1950 est marquée par le fort développement de la ville avec le triplement de sa population et la construction d'ensembles immobiliers.
Acte du mois de juillet 1601 : « Furent présents messire François Martel, chevalier, seigneur de Fontaine et Brétigny, capitaine de cinquante hommes darmes des ordonnances de sa majesté, estant de présent en son hostel seigneurial audits Bretigny »